Kelembagaan BPD diatur dalam Permendagri No. 110 Tahun 2016 BAB IV Pasal 27 ayat 1-5 dan Pasal 28 terdiri atas Pimpinan dan Bidang. Pimpinan BPD terdiri dari 1 (satu) orang ketua, 1 (satu) orang wakil ketua, dan 1 (satu) orang sekretaris. Adapun Bidang sebagaimana dimaksud terdiri atas Bidang Penyelenggaraan Pemerintahan Desa dan Pembinaan Kemasyarakatan, dan Bidang Pembangunan Desa dan Pemberdayaan Masyarakat Desa. Bidang dalam kelembagaan BPD dipimpin oleh Ketua Bidang. Pimpinan BPD dan Ketua Bidang otomatis merangkap sebagai anggota pada bidangnya. Untuk mendukung pelaksanaan tugas kelembagaan BPD dapat/diperbolehkan mengangkat 1 (satu) orang tenaga Staf Administrasi BPD.
Pimpinan BPD dan ketua bidang dipilih dari dan oleh anggota BPD secara langsung dalam rapat BPD untuk pertama kali, yang dipimpin oleh anggota tertua dan dibantu oleh anggota termuda sebagai sekretaris rapat pemilihan. Rapat pemilihan dilaksanakan paling lambat 3 (tiga) hari terhitung sejak tanggal pengucapan sumpah/janji.
Rapat pemilihan pimpinan dan atau ketua bidang berikutnya apabila pimpinan dan atau ketua bidang berhenti, maka dipimpin oleh ketua atau pimpinan BPD lainnya berdasarkan kesepakatan pimpinan BPD. Pimpinan dan ketua bidang ditetapkan dengan keputusan BPD yang mulai berlaku setelah mendapatkan pengesahan Camat atas nama Bupati/Wali kota.